La historia se centra en las costas de Japón, específicamente en Maiami City donde los duelos de monstruos son una gran fiebre gracias a la Corporación León que está bajo el control de su presidente Akaba. Los niños quieren ser unos grandes duelistas, así que aprenden todo lo básico en diferentes colegios, incluyendo el Yusho Juku donde están Yuya y Yuzu y la escuela más grande, el Leo Duel School (LDS). Pero un dia, Yuya terminará enfrentándose en un duelo de exhibicion ante el actual campeón del mundo de duelos profesionales.